Forte del relativo successo al botteghino delle sue pellicole precedenti, il regista, attore e scrittore cileno Alejandro Jodorowsky, come lui stesso esplicita all'inizio del film, nella metà degli anni settanta accarezza l'idea di realizzare un'opera colossale e visionaria che, utilizzando l'ispirazione prodotta dal ciclo di romanzi di Frank Herbert iniziato con Dune attraverso il registro della fantascienza e del fantasy metta in scena le idee e l'estetica della cultura psichedelica della fine degli anni sessanta. Jodorowsky's Dune documenta le peripezie di questo progetto cinematografico fantascientifico tramite il racconto e i ricordi dello stesso Jodorowsky e l'animazione dei disegni preparatori originali del film. Il film, infatti, si rivela molto ambizioso e costoso (basti pensare al cast che nelle idee di Jodorowsky prevedeva come attori personaggi come Orson Welles, Mick Jagger e Salvador Dalí e una colonna sonora dei Pink Floyd). La pellicola pertanto non verrà mai realizzata dal regista cileno per difficoltà produttive (sostanzialmente per il rifiuto da parte dei produttori hollywoodiani ad assegnare la regia di un tale colossal fantascientifico a Jodorowsky).